Medaile prof. F. J. Gerstnera je nejvyšší fakultní ocenění za zásluhy o rozvoj fakulty a za obětavou a příkladnou činnost ve prospěch Fakulty dopravní ČVUT v Praze. V odůvodněných případech může být udělena i význačným osobnostem mimo fakultu.
Návrhy na udělení projednává děkan s AS FD a s vědeckou radou fakulty. Medaile je oceněním jednostupňovým, v jediné kategorii. Stejné osobě nelze medaili udělit opakovaně. Gerstnerovu medaili uděluje děkan fakulty při významných událostech.