Základním pracovištěm pro pedagogickou a tvůrčí činnost na fakultě je katedra/ústav řízená vedoucím katedry/ústavu, kterého na základě výběrového řízení jmenuje a odvolává děkan. Katedry/ústav zřizuje a ruší děkan se souhlasem Akademického senátu Fakulty dopravní. Katedry/ústav se může po předchozím projednání v kolegiu děkana a souhlasu děkana členit na oddělení a laboratoře.