Při zahájení studia navštíví studenti obě partnerské letecké školy a rozhodnou se dle svých preferencí, ve které chtějí absolvovat svůj praktický letecký výcvik. Koncept integrovaného výcviku spočívá v tom, že studenti současně studují univerzitní předměty, jejichž znalosti následně aplikují v praktických lekcích výcviku na letounu. Obor Profesionální pilot má za cíl absolventům poskytnout konkurenční výhodu na trhu práce, proto se výuka leteckých předmětů neomezuje na minimální požadavky, ale mnohonásobně je překonává. Krom prakticky zaměřených předmětů, jako jsou základy letu, navigace, meteorologie, stavba letadel, plánování letu, letecká komunikace, radionavigace, provozní postupy a další, je nutné v rámci studia na Fakultě dopravní ČVUT v Praze absolvovat i technické předměty, jako je algebra, geometrie, calculus, fyzika, elektrotechnika a další. Tyto předměty jednak rozvíjí logické myšlení a jednak přispívají k lepšímu pochopení funkcí a principů leteckých přístrojů, systémů i samotného letu. Studium je zakončeno státní závěrečnou zkouškou a udělením titulu bakalář. Dle pravidel EASA je nutné pro vydání průkazu absolvovat teoretické zkoušky na Úřadu pro civilní letectví – celkem se jedná o čtrnáct zkoušek teoretických znalostí, na které jsou studenti velmi dobře připraveni v rámci studia.
Praktický výcvik začíná po absolvování teorie k zahájení leteckého výcviku na konci prvního semestru. Náplní je zpočátku jednoduchá pilotáž na jednomotorovém letounu k získání správných návyků. V průběhu druhého semestru studenti absolvují jeden z nejsilnějších momentů své letecké kariéry – první samostatný let bez instruktora na palubě. Dále pokračují v navigačních letech a zdokonalování pilotáže. Ve druhém ročníku se přidávají lety v noci a simulátorový výcvik k nácviku postupů pro lety dle přístrojů. V průběhu třetího ročníku studenti létají podle přístrojů na letounu, přidává se výcvik na vícemotorovém letounu a celý integrovaný výcvik je zakončen praktickou letovou zkouškou na vícemotorovém letounu s pověřeným examinátorem ÚCL. Součástí integrovaného výcviku je příprava na práci pilota ve vícečlenné posádce – tento výcvik na simulátoru probíhá na konci praktického výcviku a připravuje pilota pro aerolinkový provoz nebo provoz byznys jetů. Celkový nálet během praktického výcviku za dobu studia je asi 200 hodin. Po úspěšném absolvování výcviku, teoretických zkoušek na ÚCL a praktické letové zkoušky je absolvent držitelem licence obchodního pilota s kvalifikací MEP land/IR, takzvané ATPL(A) frozen licence. S touto licencí je možné ucházet se o práci profesionálního pilota, nicméně před nástupem do aerolinky nebo k provozovateli obchodní letecké dopravy je většinou nutné absolvovat tzv. typový výcvik na konkrétní typ letounu jako je Boeing 737, Airbus A320, Embraer 195, Gulfstream G650 a další. Typový výcvik není součástí praktického výcviku v rámci studia.